Durante la  Seconda Guerra Mondiale il paese venne a collocarsi lungo la Linea Gustav. Dopo il Proclama Badoglio dell'8 settembre 1943 i tedeschi, divenuti nemici, occuparono il territorio. Diversi furono gli avvenimenti tragici legati al conflitto, tra questi si ricorda quello avvenuto il 5 marzo 1944, quando gli Alleati bombardarono, con proiettili perforanti, i rifugi siti in località Pasticcella. All'interno vi era la popolazione civile, le vittime furono 33 di cui 13 bambini. La tragedia avrebbe potuto contare un numero superiore di vittime, ma grazie a Tito Di Cicco (Sant'Apollinare 1921- Providence R.I. (U.S.A.)1992), numerose altre persone, tra cui molti bambini, rimaste seppellite dalla terra, furono tratte in salvo.
L’intento da parte tedesca di tenere le posizioni a ogni costo trasformò in lotta di logoramento i combattenti che seguirono nel settore di Cassino. Solo in maggio, e per aggiramento, gli Alleati superarono questa linea. La linea Gustav, ispirata probabilmente dallo stesso Hitler, che da Berlino ordina al feldmaresciallo Kesselring, comandante in capo delle forze armate tedesche, di fermare ad ogni costo il nemico, è costituita da una fascia larga non meno di dodici chilometri che taglia l’Italia in due dal Tirreno all’Adriatico, ovvero dalla foce del Garigliano a quella del Sangro, seguendo il corso dei due fiumi o di altri fiumi minori, come ad esempio il Rapido. Si scavano anfratti nella roccia, si ampliano quelli già esistenti, si minano le sponde dei fiumi, si creano fortini seminterrati, si fortificano i ruderi delle case, si camuffa ogni difesa rendendo impercettibile qualsiasi confronto con gli ambienti più prossimi.
La liberazione di Sant'Apollinare avvenne il 13 maggio 1944 nell'ambito dell'operazione Diadem, l'assalto decisivo che doveva portare gli Alleati a Roma dopo aver superato la linea Gustav. Le operazioni sul territorio furono affidate alla Iª Divisione Motorizzata del Corpo di Spedizione Francese.
Gli eventi bellici causarono la distruzione del 95% dell'abitato, dall'8 settembre del 1943 al maggio 1944, e la morte di 140 civili, tra i quali molti bambini e anziani, vittime dei bombardamenti Alleati.

Il Monumento ai Caduti, inaugurato nel lontano 1975, e con il quale la cittadinanza ha voluto ricordare i propri concittadini, morti durante le guerre che hanno scosso l'Italia e il mondo, si trova nella Villetta Comunale, in Piazza Albiano. Un altro monumento ai caduti è stato inaugurato recentemente in Piazza dell’Olmo sempre in ricordo dei cittadini che hanno dato la loro vita per la patria. Nell’aprile del 2004 a Sant’Apollinare viene conferita la medaglia d’argento al merito civile e fu consegnata dall’allora presidente della Repubblica Carlo Azeglio Ciampi al sindaco.