Ha subìto varie ristrutturazioni durante i secoli a più riprese per via dei danneggiamenti: dai pirati turchi nel 1552, dalle truppe napoleoniche franco-polacche nel 1799, da un incendio nel 1888 e dall’ultimo conflitto mondiale. Nel 1930 furono demoliti tutti gli altari barocchi e vennero alla luce gli affreschi trecenteschi nella zona del coro e nell’ambiente ad esso limitrofo, la sacrestia, denominata anticamente cappella di S. Cecilia. Fu riaperta al culto nel 1931 come tempio votivo dei minturnesi caduti nella Prima Guerra Mondiale, dopo il restauro commissionato dal concittadino Pietro Fedele, storico e Ministro della Pubblica Istruzione nel 1925-28 che ha ripristinato la originaria bellezza trecentesca. Fu ricostruito il tetto con la nuova struttura a capriate di legno, fu rifatto il pavimento, furono rimesse in luce le pitture ricoperte dall’intonaco. Gli ultimi restauri degli anni 1950-51, con i continui finanziamenti del Ministero della Pubblica Istruzione consentirono di estendere il progetto al restauro degli affreschi, alla realizzazione di un’intercapedine sul fianco sinistro della chiesa e soprattutto alla costruzione di un campanile e alla sistemazione della cripta posta sotto l’abside che viene utilizzata come sacrario dei caduti minturnesi. Certamente al termine dell’intervento la chiesa doveva mostrare un’immagine piuttosto prestigiosa giacché, “rinnovata in stile quattrocentesco locale”, aveva le finestre dotate di “preziosi alabastri egiziani” mentre gli arredi e le suppellettili vennero donate da Pio XI. Uno splendido stemma della Città, con la scritta Heredes Minturnarum, venne murato sulla parete esterna del nartèce. Nel pronao si scorge la targa marmorea fissata in occasione del conferimento alla Città della Medaglia d'Oro al Merito Civile per i danni e per i lutti subiti nella seconda guerra mondiale (10 gennaio 2000). Alcuni resti sono conservati nel museo Antiquariumn della zona archeolgocia. L'Antiquarium sorge presso l'area archeologica dell'antica Minturno. Nel museo sono raccolti pannelli didattici che documentano i diversi siti archeologici, costituito in gran parte con reperti rinvenuti durante gli scavi del 1931/1933.