Nell’abside è dipinta una "Crocifissione", realizzata nel 1333, forse dagli allievi di Giotto, posta al centro della parete di fondo ed  è probabilmente coeva agli affreschi della volta. Su ognuna delle quattro vele della volta a crociera del coro il Simonelli dipinse un Evangelista ed un Dottore della Chiesa, mentre in chiave appare un Cristo benedicente con un libro aperto in mano. Nella volta della cosiddetta cappella di S. Cecilia appaiono le storie di S. Orsola e le Vergini, oltre ad un gruppo d’angeli musicanti. In tempi successivi, era stata parzialmente affrescata anche la facciata della chiesa potendo rintracciare notizie di un’Annunciazione dipinta sull’architrave della porta (1504), di un ritratto di Donna Brigida Minutilli realizzato sul lato sinistro dell’Annunciazione (1573) e di un S. Cristoforo “posto sotto l’ultimo arco occidentale del portico”, d’epoca incerta, anche le vaste superfici degli ambienti voltati sottostanti il presbiterio si presentano affrescate, con cicli di immagini di fattura similare a quelli più noti della zona superiore .