Al centro del soffitto in legno a cassettoni c'è lo stemma con la tiara papale e le chiavi di S. Pietro. Il 17 agosto 1851 Ferdinando II, re delle due Sicilie, sul far della sera, con al seguito la propria famiglia, visitò la Chiesa per l'inaugurazione del suddetto cassettone. Nella navata destra si apre un gioiello d'arte barocca, la "Cappella del Sacramento" del 1587, rivestita di marmi polìcromi. Sulla parete centrale una tela raffigurante "l'Ultima Cena", opera   di Andrea da Salerno, detto il Sabatino. Di notevole interesse artistico è il "Pergamo" costituito da una cassa sorretta da quattro colonne su cui si innesta, in maniera eccentrica, la scala di accesso il cui parapetto poggia su un pilastrino che è ricoperto da rilievi eseguiti con grande maestria dove elementi decorativi classici (perline e fusarole) si affiancano a palmette di gusto islamico, i capitelli delle colonne sono stilizzazioni del tipo corinzio secondo un gusto "barbarico", con parapetti a riquadri con decorazioni musive di stile geometrico con tessere di smalto vitreo e tessere di maiolica iridiscente (sec.XIII). Nel lavoro ad intarsio delle lastre della cassa si osserva una mescolanza tra il gusto classicheggiante dei marmorari romani e la fantasia compositiva degli artisti campani, influenzati dall'arte islamica. I due laterali alla piccola gradinata d'accesso sono in lastre di marmo triangolari(1150) tratte da pezzi dell'antico ambone con un bassorilievo raffigurante l'episodio biblico di Giona che viene ingoiato e rigettato dal mostro marino, il "pistrice" (prefigurazione della Morte e della Risurrezione di Cristo). Le sei colonne su cui poggia sono disuguali, come pure i capitelli antichi dell' VIII e IX secolo.Una piccola lastra di reimpiego raffigurante un leone ed un uomo è stata riutilizzata alla sommità della scala, forse durante i restauri del 1916. L'episodio di Giona  è presente a Gaeta nelle decorazioni del campanile ed è frequente nell'area campana. Da evidenziare la bellezza del candelabro del cero pasquale (1264) posto su una elegante base a campana rovesciata, incastonato da preziosi mosaici è costituito da un cilindro su cui si avvita la decorazione ad intarsio. Di suggestiva fattura è la Congrega del SS.mo Rosario con prezioso coro ligneo.