Sembra che le origini di questa  suggestiva chiesa  siano avvolte  nel  mistero. Impossibile  è  infatti conoscere con esattezza la data in cui la stessa sia stata edificata. Tuttavia la tradizione  ed i documenti conservati presso la curia, attestano intorno alla fine dell’anno  mille la sua fondazione in sostituzione  della chiesa del Garigliano, recante lo stesso nome,   distrutta dai saraceni. Edificazione resa possibile grazie alla vittoria del  915 sui “mor “ ad opera  della “lega cristiana“ guidata dal pontefice  Giovanni x.  
Dopo il 1000, si ha un periodo  di buio storico dovuto alla mancanza di notizie, bisogna  attendere il 1500 per avere indicazioni sulla Chiesa estratte dai resoconti delle visite pastorali. Da queste infatti si ricava che già alla fine del 1500 la Chiesa era divenuta collegiata diversi erano i sacerdoti ed i canonici addetti alla stessa. Altra  data  saliente  va  dal 1620 -1630, periodo che registra un ampliamento  della Chiesa  per crescita  di importanza, basti pensare che le cappelle e gli altari, sono divenuti ventuno. Nel 1740 -45 il Card. Tamburino Ponente della Sacra Congregazione dei Riti presiede a Castelforte la causa per l’attribuzione della carica di Primicerio della Collegiata. Anche questo dato non fa che attestare l’importanza assunta dalla Chiesa  di S. Giovanni.  
Siamo nel 1789 e qui si registra un cambiamento nello statuto della Collegiata. Una data storica,  precisamente il 1799, segna un momento drammatico per questa  chiesa, difatti  viene danneggiata dalle truppe franco-polacche del generale Dombrwski, siamo nella famigerata Pasqua  castelfortese.
Una successiva data la contraddistingue, precisamente il 1943-44 data che segna la distruzione della stessa come conseguenza  della  seconda  guerra  mondiale.