Amico e consigliere di Fabrizio Massimo, il Santo consigliò l'acquisto dalla Famiglia degli Zambeccari del Feudo con l'annesso Castello dove secondo la tradizione avrebbe in seguito anche alloggiato. Il consiglio fu dato all'amico perchè ne giovasse la salute cagionevole del figlio di questo, Paolo. 

Una tradizione orale che dura ancora oggi vuole Neri presente in Arsoli e soggiornante nel castello, nelle stanze dette di S. Filippo; non esistono però documenti in proposito per cui si può pensare ad una presenza spirituale per effetto del dono della bilocazione. Fabrizio Massimo, diventuo signore di Arsoli, mise in atto quanto aveva appreso da S. filippo che aveva avuto come confessore, amico e consigliere ed affiancato nella creazione del primo Oratorio romano.

Fabrizio ed i suoi familiari, dopo il 1574, cominciarono a vivere tra Arsoli e Roma, seguiti costantemente dalla predilezione del grande amico Filippo. Non erano ancora trascorsi dieci anni dall'acquisto del paese allorchè il Neri operò uno strepitoso miracolo a favore di uno dei membri della famiglia Massimo. Il 16 marzo 1583, presente il padre Fabrizio, la seconda moglie Violante di Santacroce, molti altri familiari ed alcuni membri della servitù, si spense Paolo Massimo e della cosa, fu informato immediatamente il padre Filippo che, però, giunse con un certo ritardo perchè stava celebrando la S. Messa.

Al capezzale di Paolo, il Santo, dopo aver asperso il corpo con l'acqua benedetta, chiamò a gran voce Paolo c he si svegliò dal sonno della morte, si sedette sul letto e conversò a lungo parlando anche della mamma e della sorella morte che aveva già incontrato nell'altra vita. Paolo, poi, espresse il desiderio di tornare dai familiari defunti e Filippo, dopo averlo benedetto, gli disse: "Va, sii benedetto e prega Dio per me". Il miracolo si commemora ogni anno nel palazzo Mazssimo in Roma, nella stanza, trasformata in cappella, dove avvenne il fatto prodigioso.

Qualche anno dopo la morte di Paolo, al momento di partire per la villeggiatura in Arsoli, si ammalarono gravemente due figli di Fabrizio, Pietro ed un nuovo Paolo ed i medici sconsigliarono la partenza; Filippo, invece, suggerì a Fabrizio di portare i figli ad Arsoli perchè vi sarebbero guariti. Fabrizio ascoltò il consiglio dell'amico si mise in viaggio ed a poca distanza da Roma Pietro scese dalla lettiga e volle salire a cavallo avendo, insieme al fratello, riacquistato la salute. Altro fatto prodigioso fu il consiglio dato a Fabrizio perchè non avesse versato la dote per la figlia Elena in quanto poi, gli sarebbe stato difficile svincolarla; questa volta Fabrizio non ascoltò il Neri e si verificò quanto predetto. Elena, che in aprile godeva di ottima salute, si spense il 9 settembre. 

Filippo, sebbene assente, vide l'anima della giovinetta, che era piissima, salire al cielo, accompagnata da un coro di angeli. Fabrizio ebbe anche il privilegio di ricevere la benedizione del Santo ormai prossimo alla morte, con la consorte, depose la sua testimonianza nel processo di canonizzazione.