La flora è estremamente varia e diversificata; in alcune zone a dominare paesaggisticamente l’ambiente la nuda pietra che priva di vegetazione si presenta a dominare ambienti desolatamente bianchi e aridi; in altri invece si incontrano rigogliose macchie boschive. Nonostante la natura carsica del terreno e l’alta permeabilità del suolo abbiano drasticamente ridotto la quantità e la circolazione idrica in superficie, le zone boschive dei Monti Lepini occupano circa 318 kmq dell’intero territorio ed altrettanti sono invece quelli coperti da pascoli.
La caratteristica più notevole dei Monti Lepini è la presenza di una vegetazione ricca e varia, composta dalle specie tipicamente mediterranee, accanto a quelle appenniniche. Questo interessante fenomeno è dovuto alla transitorietà climatica dell'area, in cui i versanti occidentali che si affacciano sul mare ospitano le specie che prediligono le temperature più alte, mentre i versanti orientali, che risentono delle correnti di aria fredda che provengono dall'Appennino laziale e abruzzese, sono caratterizzati da specie adatte a temperature più basse.
Se facciamo una passeggiata sui Monti Lepini possiamo incontrare, da un lato, fitti boschi di leccio con sottobosco formato da cespugli di ginestra e fillirea (nelle aree più esposte al sole anche la rara palma nana), quali indicatori di zone più calde e temperate, dall'altro lato la foresta di faggio e carpino, con la rara presenza anche del tasso (Taxus baccata), che, in prossimità di grotte ed inghiottitoi, segnala gli ambienti più umidi e freddi.