Dopo la fondazione e varie vicissitudini, fu durante tra 741 e il 752 che l’Abbazia crebbe di potere e ricchezza.
A cavallo dell’IX secolo l’Abate Gisulfo trasformò uno dei due oratori in una Basilica a tre navate. Il benessere non durò molto, già l’883 i Saraceni incendiarono il Monastero.
Dopo vari conflitti, spostamenti e prevaricazioni, i monaci, condotti dal terzo fondatore di Montecassino, Aligerno, tornarono al nucleo originario, sulla cima del colle, ripristinando edifici e Regola.
Nel 1058 venne eletto Abate Desiderio, ricordato come il più illustre: ricostruì il Monastero, riedificò la chiesa andata distrutta, (consacrata nel 1071).
Altro periodo drammatico fu quello del XIV secolo quando, tra lotte politiche e ambizioni territoriali dei papi, venne trasformata in vescovado.
Seguì il violento terremoto del 1349.
Al Seicento risale la forma architettonica dell’attuale edificio, nel 1799 venne di nuovo depredata, ripristinata nel 1815, e in seguito risoppressa. L’Abate Tosti le ridiede vigore e splendore (1811-97).

Nell'ultimo conflitto mondiale l'Abbazia, nella quale era rimasto un solo Abate con pochi monaci aggregati, venne a trovarsi sulla linea di fuoco (Gustav), e fu coinvolta nei combattimenti armati.

Un violento bombardamento aereo alleato distrusse l'Abbazia il 15 Febbraio 1944, aggravato da un successivo pesante cannoneggiamento. L'edificio nei successivi tre mesi arrivò alla completa distruzione.
Reliquie, codici, libri, quadri furono portati in salvo alcuni mesi prima del bombardamento, grazie alla mediazione di papa Pio XII ed all’intervento diretto del soprintendente alla Antichità di Roma e del Lazio, con l’aiuto del Comando militare tedesco che con propri uomini e mezzi operò il trasporto di questo patrimonio italiano e mondiale in Vaticano.
Nel dopoguerra il complesso venne sapientemente ricostruito seguendo le linee originarie e riprese le sue tradizionali attività. La ricostruzione partì ufficialmente il primo Aprile 1946.