La Sagrestia è ricca di decorazioni e le pareti hanno un rivestimento ligneo fedele a quello antico andato distrutto.
Il Coro, in legno di noce, con pareti e volta arricchite di tele ed affreschi, è tornato a risplendere dopo vari restauri. All’interno il pregiato Organo Mascioni di Cuvio, con più di cinquemila canne.
La Cripta, risalente al 1544, con più cappelle, è arricchita di altorilievi, mosaici, sculture, raffigurazioni e allegorie.