Sorto nel 1980 in occasione delle celebrazioni per l'anniversario della nascita di San Benedetto, il percorso di visita attraversa le fasi storiche dell'Abbazia.
Comprende materiali archeologici (etruschi e romani), codici, statue riferibili al Santo e ai suoi seguaci, ori e materiali votivi, ecc.
Il percorso museale, progettato dall’architetto Giuseppe Picano, si svolge su due piani, a senso unico, attraverso numerose e varie sezioni dislocate in 16 sale. Il museo comprende la somma di diversi nuclei: la sezione archeologica ospita i reperti recuperati nel corso degli scavi compiuti nel XX secolo nell’area dell’abbazia e nelle immediate vicinanze; la seconda, medievale, contiene frammenti del complesso distrutto nel corso dei secoli per dar luogo poi alle costruzioni tardomedievali e barocche; la sezione delle miniature espone una scelta dalla vastissima raccolta di manoscritti e stampati conservati presso l’archivio dell’abbazia; la sezione delle stampe e ceramiche illustra la posizione in rapporto al territorio circostante del complesso monastico, gli interni ed alcuni aspetti della vita quotidiana; i dipinti provenienti in gran parte dalle stanze di San Benedetto; una parte degli oggetti, delle statue e dei quadri esposti infine è stata acquistata soprattutto attraverso donazioni in questi ultimi anni.
Scendendo più nel dettaglio possiamo ammirare: resti del pavimento della Basilica di Montecassino, realizzato sotto l’abate Desiderio verso l’anno 1070, adorno di marmi preziosi (porfido, serpentino, giallo antico) e con varietà dei disegni geometrici; Oreficerie Altomedievali: che documentano l’antichità dell’insediamento cristiano a Montecassino, iniziato con la venuta di s. Benedetto verso l’anno 529 d.C.;  monete del tempo, patena in basalto con smalti su oro, cofanetto eburneo di Roberto il Guiscardo, stauroteca dell’abate Aligerno sec.X, anello di Federico II; I Portali (centrale e uno laterale) della Basilica dell’abate Desiderio, consacrata nel 1071, ricomposti con pezzi originali. Interessanti i due veltri in mosaico, che erano posti, quasi a guardia, sulla Tomba di S. Benedetto nella medesima Basilica e realizzati a Costantinopoli. Dello stesso periodo sono i marmi, utilizzati per portali e transenne; Bozzetti: sono piccoli dipinti di scuola napoletana dei sec. XVII-XVIII, che gli artisti presentavano come abbozzo prima di  eseguire in grande, ad affresco o ad olio, la scena richiesta per la Basilica o per le cappelle di essa.

Tali bozzetti documentano quasi al completo la decorazione pittorica della distrutta basilica: Luca Giordano, Francesco Solimena, De Mura, Sebastiano Conca. Una visione della Basilica affrescata da questi pittori ci viene offerta dalla grande tela di A. Vianelli del 1881; Sculture: risalgono al sec. XV, XVI, XVII e decoravano vari ambienti del monastero; Legature: la loro varietà e ricchezza manifesta l’amore dei monaci per il libro, specialmente per quello destinato alla Parola di Dio e alla liturgia; Statue lignee: sono di varia epoca e di varie provenienze ed erano una volta esposte in ambienti o in cappelle del monastero; Stampe e disegni: anche se la maggior parte di queste stampe e disegni sono dei secc. XVII e XVIII, tuttavia documentano con precisione il complesso monumentale del monastero e lo svilupparsi delle sue varie fabbriche; Corali: i più antichi sono dell’inizio del 1500 e la maggior parte si devono ai miniaturisti Boccardi e Matteo da Terranova; si è conservata quasi integralmente la serie di questi grandi libri di coro perciò il nome corali, necessari per il gruppo dei monaci cantori a seconda dei tempi liturgici della Messa e dell’Officio divino; così il Graduale, l’Antifonario.

Le miniature più grandi o più piccole sono in relazione alla solennità celebrata, come Pasqua, Natale, S. Benedetto; Manoscritti, Regole, Libri  D’Ore: sono esposti alcuni codici, manoscritti significativi della biblioteca dei monaci, che, con i suoi oltre 100.000 volumi, copre l’arco di tempo che va dal sec. VI fino ai giorni nostri. Noto è il Placido cassinese del marzo 960 con la formula di giuramento “Sao Ko Kelle terre…”, palinsesto in greco sec. VIII e XII, enciclopedia di Rabano Mauro, Regola di s. Benedetto, lezionario del 1066, Libro d’ore; Marmi: vari frammenti della decorazione marmorea settecentesca della Basilica; Paramenti sacri: destinati alle liturgie solenni, arricchiti da ricami o splendenti per la bellezza delle stoffe (broccati, damascati, velluti) piviale del Venerdì santo del 1438, piviale della Notte di Natale, pianeta in velluto bleu con s. Benedetto; Merletti: usati per decorare le tovaglie di lino degli altari e i camici dei sacerdoti; Tesoro: è la suppellettile in uso per le celebrazioni liturgiche: calici, ostensori, pissidi, croci professionali, turiboli, paci, altarolo devozionale; Avori e cofanetti: da notare la collezione di Crocefissi, vari cofanetti, oggetti di devozione; Iconografia di S.Benedetto: opere del sec. XV raffiguranti s. Benedetto nel suo tradizionale abito nero o bianco dalle ampie maniche (cocolla) con pastorale e libro della Regola: s.Benedetto del Tondo Miller, s.Benedetto viene a Montecassino, s.Benedetto vince la tentazione, s.Benedetto distribuisce la Regola, s.Benedetto in adorazione; Reperti etruschi-romani: ritrovati a Montecassino o nei pressi, essi testimoniano la vita sulla montagna già del sec. VI a.C.; statua acefala del II sec. d.C., sedia ostetrica, base dell’ara per sacrifici, testa fittile, vasi di varia provenienza; Foto: sono esposte alcune foto della distruzione di Montecassino il 15 febbraio 1944.

È bene tenere presente che nel periodo invernale, il Museo dell’Abbazia è aperto soltanto la domenica.