Il borgo medievale di Paliano è dominato dall'imponente Fortezza Colonna, la collina su cui si erge la grande struttura difensiva era già utilizzata a scopo militare dalla popolazione degli Ernici, i quali vi fondarono un fortilizio avente lo scopo di proteggere la città sacra di Anagni.
Nel 1051 sulla sommità della collina vi sorgeva il monastero benedettino di Sant'Angelo, nel 1232 quando Paliano entrò nella giurisdizione della Santa Sede, papa Gregorio IX lo fece fortificare assieme alla rocca preesistente.
Nel 1543 alla fine della cosiddetta “guerra del sale”, che vide contrapposto papa Paolo III alla famiglia Colonna, il forte fu fatto smantellare da Pierluigi Farnese per motivi di sicurezza.
Circa dieci anni dopo, nel 1552 iniziarono i lavori di costruzione di una nuova fortificazione fortemente voluta da Marcantonio Colonna. Quest'ultimo fu uno dei vincitori della Battaglia di Lepanto e fece affrescare le stanze all'interno del forte con i momenti più importanti della sua vita politica e militare.
Nel 1796, con la Campagna d'Italia e la successiva invasione dello Stato Pontifico da parte delle truppe francesi, Paliano fu cinta d'assedio e capitolò dopo una breve ma valorosa resistenza. Il forte venne demolito e depredato di tutti i suoi tesori artistici.
Il 4 gennaio 1844 Aspreno Colonna cedette ciò che rimaneva della fortezza alla Chiesa che, dopo accurati lavori di restauro, la adibì a carcere duro per gli oppositori politici.
Anche dopo il 1870, quando Paliano passò allo Stato italiano, il forte mantenne la funzione originaria.
Nel 1943 durante l'occupazione tedesca, nella Fortezza vennero rinchiusi numerosi soldati italiani, civili e partigiani arrestati a seguito di alcune azioni di guerriglia attuate contro i tedeschi nella provincia di Frosinone.
Il 1° febbraio del 1944 furono tradotti nel carcere di Paliano ottanta civili, cinque dei quali, dopo un processo sommario, vennero fucilati il 29 aprile e il 16 maggio. Così come accadde ad alcuni contadini di Piglio, rastrellati il 18 marzo e fucilati per rappresaglia il 6 aprile 1944.
Alla fine degli anni Settanta la Fortezza è stata trasformata in carcere di Massima Sicurezza.