Dedicata al patrono della città è la chiesa più antica di Fiuggi, la data di costruzione è incerta, dalle fonti storiche disponibili si sa che nell'XI secolo apparteneva ai monaci benedettini di Subiaco, che nei loro viaggi per Montecassino vi effettuavano la sosta e il cambio dei cavalli. Successivamente passò ai monaci Florensi del Monastero di S. Maria della Gloria di Anagni.

Nel XVII secolo il vescovo di Anagni Monsignor Antonio Seneca, notò che la chiesa poteva creare disagio ai cittadini, perché fuori le mura della città e si decise di costruirne una più centrale, fu così che fu edificata la Collegiata di Pietro Apostolo.

Gli abitanti di Fiuggi non abbandonarono però la loro vecchia chiesa, la restaurarono e la ampliarono su linee architettoniche barocche.

Tra gli arredi della chiesa spicca uno straordinario affresco, di scuola giottesca, raffigurante la “Madonna con il Bambino” risalente al XIII secolo. L'acquasantiera in pietra è ricavata dal capitello di una colonna romana, proveniente dalla villa di Nerone nella valle di Subiaco.

La chiesa di San Biagio custodisce altre due importanti opere d'arte, si tratta di due tele, una con “San Lorenzo che battezza S. Ippolito” del pittore romano G. B. Speranza e una “Madonna con Bambino tra S. Francesco e S. Agostino” di Giuseppe Cesari detto Cavalier D'Arpino.