Gli storici dell’Ordine Francescano attribuiscono la fondazione del convento del Giglio al Beato Amedeo di Portogallo.

Il convento del Giglio ebbe un posto secondario tra gli altri conventi dell’Ordine Francescano e non ebbe mai più di una dozzina di religiosi. Si conserva preziosamente il ricordo dell’ospitalità che ricevette nel convento, dal 5 all’8 dicembre 1748, San Leonardo di Porto Maurizio, il grande missionario italiano.

I Frati Minori dell’Osservanza restarono in questo convento fino all’arrivo delle truppe francesi che invasero lo Stato Pontificio agli inizi del secolo XIX. Il monastero restò quindi vuoto ed abbandonato per molti anni, il Tempio della Madonna del Giglio fu privato del suo culto ed i contadini dei dintorni non ne avevano più soccorso religioso.

Nel 1837 il convento venne affidato ai Passionisti che restaurarono completamente la chiesa ed aprirono le due cappelle laterali. La cerimonia della consacrazione della chiesa e dell’altare maggiore ebbe luogo la domenica del 24 ottobre 1858.

Dietro al monastero, nel piccolo bosco di querce secolari, i religiosi francesi costruirono una grotta dove la Vergine diffonde e riempie delle sue grazie i pellegrini che in alcuni giorni di festa, vengono in processione per offrirle i loro omaggi e le loro preghiere.