Il convento, con l'annessa chiesa, fu donato secondo la tradizione al Patriarca S. Domenico dei Benedettini nel 1215. Dopo quello di S.Domenico di Napoli, il convento di Fondi è il più antico del Napoletano. Il convento ospitò per lungo tempo S. Tommaso D'Aquino, filosofo e teologo, dottore della Chiesa. 

Nel giardino del convento esisteva fino al 1835 un albero di aranci con le radici in su, che la tradizione vuole piantato da San Tommaso e che offriva molti frutti. Poi si disseccò e il tronco fu dalla pietà dei fedeli conservato sotto l'altare dove era il corpo del Santo.