Nel 1617 i pigliesi, affascinati dalla predicazione del frate Bernardo da Bologna, decisero di costruire il convento francescano.
Inizialmente l’edificio aveva solo una ventina di celle; fu poi ingrandito e modificato. Nel 1681 fu edificata la Biblioteca; nel 1744 il fienile e la stalla e nel 1781 furono fatti altri lavori di ampliamento.Sulle pareti del chiostro un anonimo pittore dipinse scene della vita di San Francesco. La chiesa fu eretta con offerte fatte dalla popolazione pigliese e da un benefattore di Acuto, Giovanni Savelli, che donò ai frati anche il bosco e la parte dell'orto attorno al Convento.
Il 12 maggio del 1944, chiesa e convento furono distrutti da un pesante bombardamento aereo alleato, andarono distrutte tutte le decorazioni che abbellivano il chiostro. Quattro anni dopo, nel 1948, si iniziò la ricostruzione della Chiesa, della Casa Canonica e del Seminario di S. Giovanni Battista.
Di impianto basilicale a tre navate, la centrale ampie e le laterali più piccole, la nuova chiesa fu consacrata il 18 dicembre del 1949.
La chiesa è stata poi trasformata in parrocchia il 5 ottobre 1969.
Attualmente nel complesso vi sono le scuole Materne ed Elementari.