La storia di Selci è  testimoniata dal ricchissimo  patrimonio archeologico ed  artistico  presente nel borgo.
La nascita del paese sembrerebbe risalire ai secoli X-XII , quando si assiste ad una vera e propria rivoluzione curtense. La sua popolazione, infatti, dalla metà dell'undicesimo secolo, abbandonò il vicino Castrum di Campolungo per trasferirsi nell'attuale Selci. Sin dall'epoca romana, Selci fu un centro strategicamente importante per il controllo del percorso che dalla Salaria conduceva a Forum Novum, il centro burocratico e religioso del circandario. Lo strano nome del paesino deriverebbe, secondo più fonti, dalla presenza nel territorio di una strada selciata; alcuni basoli di silice nera, che la lastricavano, sono ancora ben visibili incastonati in alcune costruzioni del centro storico.
Originariamente Selci, possesso dell'Abazia di Farfa, dopo le invasioni barbariche passò sotto la diretta giurusdizione della Santa Sede,per effetto delle donazioni carolingie; divenne così uno dei cosiddetti "Castra Specialia", cioè "Castelli" importanti strategicamente e quindi governati direttamente dai pontefici tremite persone di loro assoluta fiducia.    

Tra il 1333 ed il 1338 Selci , insieme ad altri comuni istigati dai Savelli, dagli Orsini e dai Colonna, si ribellò alla Santa Sede, non riuscendo però ad ottenere l'autonomia sperata. Dal 1368 al 1596 gli Orsini furono i signori del paese, dal 1596 al 1697 fu sottoposto al feudo dei Cesi, dal 1697 al 1722 a quello dei Vaini, quindi dal 1722 al 1860 tornò sotto il dominio della Santa Sede. Nel 1861, con la proclamazione del Regno d'Italia e la nomina di Vittorio Emanuele a re, la Sabina fu aggregata all'Umbria, con Perugia come capoluogo di Provincia. Con la revisione delle circoscrizioni comunali del 1927 molti comuni furono aggregati , mentre Selci mantenne la sua autonomia, salvo qualche breve parentesi di unione con Torri e Cantalupo.