Comune di antiche tradizioni e memorie storiche, sul suo territorio sono state trovate tracce archeologiche di epoca pre-romana consistenti in mura poligonali, i resti di due ponti romani, tratti di un acquedotto dell’epoca claudia, colonne ed epigrafi.

Sant’Elia Fiumerapido si adagia sulle colline belle e selvagge che circondano la piana di Cassino e la sua storia, proprio dall’abbazia benedettina, è stata a lungo influenzata. Proprio l’abate Mansone di Montecassino, nel 990 fondò la cittadina su una collinetta sulla sinistra del fiume Rapido e prese il suo nome dalla chiesetta dedicata al Profeta Elia esistente all’epoca nella zona. Le porte di accesso al vecchio "castellum" furono smantellate fra la fine del XIX secolo e l'inizio del XX e sono ancora ben visibili lunghi tratti delle mura di recinzione e di difesa dell'antico centro abitato con alcune torri ancora in buono stato o ben riconoscibili.

Il secondo conflitto mondiale coinvolse direttamente il centro e il territorio di Sant’Elia Fiumerapido, in quanto si trovava lungo la linea Gustav predisposta dai Tedeschi per sbarrare il passaggio all'esercito degli Alleati che risalivano la penisola trovarono su Monte Cifalco la collocazione ideale per le loro postazioni, alcune tuttora visibili. Sul territorio di Sant’Elia Fiumerapido operarono i francesi e, soprattutto lungo il vallone di Portella, il Secondo Corpo Polacco e il Decimo Corpo Inglese. Il comune dopo la liberazione venne insignito di Medaglia d'argento al merito civile.

Sul territorio, che ha una lunga tradizione artigianale, sono consistenti le lavorazioni del legno e il restauro dei mobili. I prodotti ortofrutticoli sono tutti di alta qualità e tra essi hanno avuto il riconoscimento della "tipicità i peperoni locali. Oliveti e vigne sono allocati sulle colline locali e, arrivando a Sant'Elia, si è accolti dalla loro dolce presenza. I vitigni in particolare sono eredità di vitigni francesi acclimatati in zona sin dalla metà dell’ottocento. Sant'Elia Fiumerapido e quello di Atina furono i primi territori in Italia a produrre il Sirah, il Cabernet Franc e Sauvignon, il Pinot Bianco e il Semeillon. Numerosi poi erano i Mulini sul Fiume Rapido, ed ancor oggi uno di essi è attivo in località Olivella.