SERVIZI DI LINEA
Malta
* La Valletta - Grimaldi Ferries (settimanale)
Sardegna
* Arbatax - Tirrenia di Navigazione (bisettimanale tutto l'anno)
* Cagliari - Tirrenia di Navigazione (giornaliera tutto l'anno)
* Golfo Aranci - Sardinia Ferries (stagionale)
* Olbia - Tirrenia di Navigazione (giornaliera tutto l'anno) / SNAV (trisettimanale inverno, giornaliera d'estate) / Moby Lines (stagionale)
* Porto Torres - Grimaldi Ferries (trisettimanale inverno, esasettimanale d'estate)
Sicilia
* Catania - Grimaldi Ferries (bisettimanale)
* Palermo - Grandi Navi Veloci (trisettimanale tutto l'anno), SNAV (stagionale)
* Trapani - Grimaldi Ferries (settimanale tutto l'anno)
Spagna
* Barcellona - Grimaldi Ferries, giornaliero
* Tarragona - Flota Suardiaz (settimanale tutto l'anno)
Tunisia
* Tunisi - Grandi Navi Veloci (settimanale tutto l'anno), Grimaldi Ferries (settimanale tutto l'anno)

Il porto di Civitavecchia è raggiungibile dalle strade:
* A12 Roma - Civitavecchia
* SS 1 Strada statale 1 Via Aurelia
* SS 675 Strada Statale 675 Umbro-Laziale
È inoltre servito dai treni:
* Roma Express, che lo collega direttamente alla stazione di Roma San Pietro. Il treno è gestito dalla SeaTrain, con materiale di tipo ALN776 della Ferrovia Centrale Umbra. Il servizio è riservato ai crocieristi in visita guidata.
 -FR5 lo collegano indirettamente alle altre stazioni principali della linea e alla Metropolitana di Roma.

A seguito della dismissione della stazione di Civitavecchia marittima, l'autorità portuale e Trenitalia hanno istituito un servizio di trasporto gestito dalla Royal Bus mediante bus navetta con partenza dal Forte Michelangelo (distante circa 600 metri dalla stazione ferroviaria) e arrivo presso il terminal Autostrade del Mare, necessario inoltre per gli spostamenti all interno dell area portuale. Il servizio è gratuito e copre, con una frequenza di circa 20 minuti, la fascia oraria tra le 5.30 e le 23.00.
È possibile infine raggiungere il porto mediante taxi grazie alla postazione presente davanti la stazione ferroviaria.
ORARI TRENI: treni regionali della linea FR5 in partenza ogni mezzora, fin dalla 5 del mattino, in entrambe le direzioni. I treni fermano anche nelle stazioni di Roma Ostiense e Trastevere. Ad essi si aggiungono treni nazionali, di bassa, media ed alta velocità.
Principali fermate della FR5: Roma Termini, Roma Ostiense, Roma Trastevere, Ladispoli, Marina di Cerveteri, Santa Severa - Pyrgi, Santa Marinella, Civitavecchia) Treni tutti i giorni ogni 30 minuti