La costruzione della Chiesa di S. Michele sorge proprio sotto la rupe del Castello e vi si accede da Caprile. Divisa in due ambienti, anticamente e fino alla metà del secolo scorso, vi erano sepolti coloro che morivano vittime di malattie infettive. Già citata nel "Chronicon Casinense" di Leone Ostiense nel 99l l'anno in cui fu ceduta da Grimoaido giudice aquinate all'abbazia di Montecassino. Si suppone che inizialmente la caverna sia stata il rifugio di qualche eremita, intorno all'anno mille ne era già stata realizzata la struttura. La chiesa conserva opere pittoriche di indubbio valore. Nell'undicesimo o dodicesimo secolo risale l'affresco dell'Ascensione con il Cristo che benedice al di sopra degli angeli e della Madonna, circondato dagli Apostoli. Sotto a questo rimane coperto un altro affresco di data anteriore, sempre di soggetto religioso. Non si conosce l'autore dell'Ascensione, ma nel dipinto si notano elementi orientali, bizantini e benedettini. In un'altra nicchia sono affiorati i resti di una Crocefissione piuttosto insolita di incerta datazione (forse IX secolo), con il longino dagli occhi incavati nella roccia, con una fune al posto della lancia e con le "cioce" ai piedi. Altra particolarità, il Cristo crocifisso è vestito di tunica. Questo affresco è stato di recente trasportato nella chiesa di S. Maria delle Grazie a Caprile per preservarlo da ulteriori danni dell'umidità.