La chiesa francescana sorge alle pendici del Monte Capreo, in Piazza San Pietro, a Carpineto Romano. Fu edificata insieme al convento dal cardinale Pietro Aldobrandini in onore di San Pietro Apostolo tra il 1612 ed il 1628, e venne affidata all’ordine dei Francescani Riformati come studio provinciale di filosofia e scienze di grande fama, come attesta San Carlo da Sezze, frate laico francescano che vi soggiornò per alcuni anni.
Soppresso l’ordine francescano ai tempi di Napoleone, vi ritornò al tempo di papa Leone XIII, che ampliò il convento, e accanto costruì un ospedale, oggi casa di riposo Leone XIII.
Il corpo del fabbricato, ubicato nell'omonima piazza, presenta tre strutture di epoca differente: quella centrale d'inizio secolo XVII (1610-1629) è la chiesa con convento; quella di destra è il cappellone di san Francesco (1855); quello di sinistra è l'ospedale voluto da papa Leone XIII (oggi casa di riposo).
La facciata della chiesa di san Pietro Apostolo, ricoperta di travertino negli anni ‘50, presenta il timpano con iscritto l'apostolo Pietro. L’interno, a navata unica, con volta a botte, presenta un altare ligneo con due grandi armadi reliquiari e pala di ignoto rappresentante il Cristo che affida a San Pietro il potere delle chiavi.
Rilevante per le importanti opere d’arte del Seicento e soprattutto per il ritrovamento del quadro del San Francesco in orazione, attribuito al Caravaggio oggi in deposito al Museo Barberini a Roma.
Ai lati, entrambi le cappelle testimoniano la presenza francescana: un San Francesco che riceve le stimmate attribuito a Simon Vouet, ed una Immacolata  attribuita a Fra Diego da Tavello.
Dalla sagrestia si può accedere al bel chiostro d'inizio secolo XVII, con grande cisterna centrale ed armi del cardinal Pietro Aldobrandini e 27 lunette affrescate con la storia di san Francesco, opera di Francesco Serbucci di Tivoli (1672). Da qui si può ammirare l'orto giardino e la selva di alberi secolari, una volta sostegno della famiglia religiosa francescana.
Nel 1989, a ricordo della presenza francescana a Carpineto e nel 50° di proclamazione di San Francesco patrono d’Italia, sul piazzale antistante la chiesa è stato innalzato un monumento in bronzo del “poverello d’Assisi” opera dello scultore Jagnocco.